清华大学核能与新能源技术研究院(简称核研院)筹建于1958年，始建于1960年1月。早期称清华大学原子能基地，1962年起更名为清华大学试验化工厂（简称试化厂）。1979年4月经学校批准更名为核能技术研究所（简称核能所）。1990年11月10日，经国家教委批准更名为核能技术设计研究院（简称核研院）。2003年9月经清华大学2003-2004学年度第1次校务会议讨论通过，更名为核能与新能源技术研究院（简称核研院）。更名后原有设计院资质保留，名称仍为“清华大学核能技术设计研究院”。

核研院俗称“200号”，这是屏蔽试验反应堆最初在校内基建项目的编号。1964年，清华大学有关专业师生建成了屏蔽试验反应堆，完成了动力堆屏蔽等实验，这是我国第一座自行研究、设计、调试、运行的核反应堆，为我国核能事业的发展做出了重要贡献。